檔案差異比較的系統原則在於必須讓系統將附檔內容擷取出來才能夠比對，通常可以拮取的有 office系統，非圖檔式的pdf檔、txt 檔，其他類型便沒有辦法進行比對。
若檔案類型為可擷取文字內容的類型，但是經過壓縮或加密，也無法進行比對。