進入系統後請點選【檔管作業>清理作業>清查作業】，點選【清查目錄製作】並輸入要清查的公文條件後按【查詢】即可查詢出指定條件的公文，勾選要清查的公文後按【產生批號】，選擇【產生新批號】或【同現有批號】並確認【批號說明】後按【產生批號】(若是清查過的公文會跳出再次清查的訊息，請按確定)即可產生清查批號；點選【清查批號】再點選【功能欄三個點>清查註記】，勾選公文按【細目顯示】，選擇【卷次號】並勾選公文後按【清查註記】即可開始註記，註記完成後請按【存檔】就完成清查註記。
若要批次清查註記，在頁籤【清查註記】中勾選所有要註記的公文後按【清查註記】即可進行批次註記。